该馆总面积约7.9万平方米，由中国工程院院士张锦秋团队设计，新唐风的建筑融合了传统与现代之美，分为展馆、内庭院、馆前广场、大运塔和今月桥5个部分，是国内首座集文物保护、科研展陈、社会教育为一体的现代化综合性运河主题博物馆。

　　扬州中国大运河博物馆由南京博物院负责布展和运营，虽是从零藏品起步的新馆，展陈却颇有看头。“我们力求全流域、全时段、全方位展现大运河历史文化，彰显大运河的千年底蕴、时代价值、当代形象。”江苏省文化和旅游厅副厅长、南京博物院院长龚良说。

　　截至目前，该馆已征集到从春秋至当代反映运河主题的古籍文献、书画、碑刻、陶瓷器、金属器、杂项等各类文物展品1万多件(套)，并设置“大运河——中国的世界文化遗产”“因运而生——大运河街肆印象”2个基本陈列和“运河上的舟楫”“世界运河与运河城市”等9个专题展览，堪称一部大运河“百科全书”。

　　扬州中国大运河博物馆馆长郑晶认为，博物馆不仅是一流的公共文化服务单位，也是旅游目的地，“在未来的1到2年内，扬州中国大运河博物馆的年游客参观量有望达到150万人次，争取将其打造成为国家一级博物馆和5A级风景区。”