在巡视探测期间，祝融号按照“七日一周期，一日一规划，每日有探测”的高效探测模式运行。导航地形相机获取沿途地形地貌数据，支持火星车路径规划和探测目标选择，并用于开展形貌特征与地质构造研究；次表层探测雷达获取地表以下分层结构数据，用于浅表层结构分析，探寻可能存在的地下水冰；气象测量仪获取气温、气压、风速、风向等气象数据，用于开展大气物理特征的研究；表面磁场探测仪获取局部磁场数据，与环绕器磁强计配合，探索火星磁场演变过程；表面成分探测仪、多光谱相机获取特定岩石、土壤等典型目标的光谱数据，用于元素和矿物组成等分析研究。

　　火星车导航地形相机、表面成分探测仪、次表层探测雷达、气象测量仪，环绕器高分辨率相机、次表层探测雷达(甚低频模式)、离子与中性粒子分析仪等7台科学载荷获取的数据已经完成相关处理和质量验证工作，并形成标准的数据产品，中国月球与深空探测网日前已面向国内科学研究团队开放数据申请，后续将以月为周期组批发布科学数据。

　　目前，环绕器运行在中继通信轨道，主要为火星车进行中继通信。2021年9月中旬至10月下旬，火星、地球将运行至太阳的两侧，且三者近乎处于一条直线，即出现日凌现象，由于受太阳电磁辐射干扰的影响，器地通信将中断约50天，环绕器和火星车将转入安全模式，停止探测工作。日凌结束后，环绕器将择机进入遥感使命轨道，开展火星全球遥感探测，获取火星形貌与地质结构、表面物质成分与土壤类型分布、大气电离层、火星空间环境等科学数据，同时兼顾火星车拓展任务阶段的中继通信。