该书分体编排，每体下诗人均按“初盛中晚”的时代先后排序。虽然宋元明清每个时代对“初盛中晚”的认知有差异，但是诗人生年或生活时代的先后为客观次序，不能颠倒。
1. 该书“五言绝句”下选有贾岛《寻隐者不遇》，排在晚唐诗人李商隐之后。贾岛（779—843）是中唐诗人，属于韩孟诗派的重要成员，与韩愈交往颇多，年长李商隐（813—858）34岁，不应排在晚唐李商隐之后。
2. 该书“五言绝句”下选有金昌绪《春怨》，不该排在晚唐诗人李频之后。金昌绪是盛唐诗人，主要活动在盛唐玄宗开元年间，其所作《春怨》一诗在盛唐曾被谱曲，名《伊州歌》，西凉节度使盖嘉运向朝廷进献过此曲。
3. 该书“七言绝句”下选有刘方平《月夜》《春怨》二诗，不应排在中唐大历诗人韩翃之后。刘方平是盛唐诗人，主要活动在唐玄宗开元、天宝年间，与李颀（690—754）为诗友，李颀有《送刘方平》诗。
三是诗体分类不当。
唐人的诗体分类与明清人不同，蘅塘退士以明清人的诗体观念来给唐诗分类，难免会有所错位。笔者这里要指出他在诗体分类时所犯的历代共通“公认”的错误以及自相矛盾之处。王运熙《关于〈唐诗三百首〉》曾指出李白《静夜思》“属乐府中的‘新乐府辞’，见于郭茂倩《乐府诗集》；本书把它列入一般五绝而不入五绝乐府，属体例之误”。这里再举出三例。
1. 该书“七言古诗”下收入陈子昂《登幽州台歌》：“前不见古人，后不见来者。念天地之悠悠，独怆然而涕下。”实际上此诗属于“骚体”，如果单独一篇“骚体”不便开列一类的话，放在“五言古诗”或者“乐府”下勉强说得过去，但蘅塘退士将其放在“七言古诗”下且不作任何说明，这就无论如何说不过去了，因为全诗没有一句是七言句。
2. 王维《洛阳女儿行》、杜甫《兵车行》《丽人行》、白居易《长恨歌》《琵琶行》，明明都是唐人典型的“七言歌行”体，但蘅塘退士将王维《洛阳女儿行》、杜甫《兵车行》《丽人行》放在“七言乐府”下，而将白居易《长恨歌》《琵琶行》放在“七言古诗”下，分类标准并不统一。唐人实际把诗体大致分为五类：古体诗、律诗、歌行、乐府、杂体诗（含齐梁体、六言诗、回文诗、四声诗、双声叠韵诗、离合体、古人名诗、问答诗等）。明清人对于唐人古诗、歌行、乐府三体认识不清，以致分类混乱。
3. 王翰和王之涣各有七绝名篇《凉州词》，蘅塘退士把王翰《凉州词》“葡萄美酒夜光杯，欲饮琵琶马上催。醉卧沙场君莫笑，古来征战几人回”放在“七言绝句”下（改题《凉州曲》），却把王之涣《凉州词》“黄河远上白云间，一片孤城万仞山。羌笛何须怨杨柳，春风不度玉门关”放在“乐府”下（改题《出塞》）。其实这两首诗都是为《凉州》曲调所作的歌词，故称《凉州词》，性质完全一样，要么都放在“七言绝句”下，要么都放在“乐府”下。蘅塘退士这种各置一处的处理方式，会对读者造成误导。
四是随意缩减原诗题目。
蘅塘退士和许多明清人一样，出于诗教和简化的考虑，往往会缩减或改动诗题，《唐诗三百首》中这种情况近20处。如“五言绝句”下裴迪的“崔九欲往南山马上口号与别”缩减为“送崔九”，“七言绝句”下李白的“黄鹤楼送孟浩然之广陵”缩减为“送孟浩然之广陵”，“七言绝句”下刘禹锡的“和乐天春词”缩减为“春词”等。这虽然是受古代编选习惯影响造成的，但已不适合今天的唐诗普及需求。其中有些诗作，随意缩减题目后，严重影响到对诗意的理解。兹举五例。
1. 该书“五言律诗”下常建《破山寺后禅院》，题目应作“题破山寺后禅院”。宋本《常建诗集》卷上及《河岳英灵集》卷上、《文苑英华》卷二三四、《唐文粹》卷一七、《唐百家诗选》卷四、《全唐诗》卷一四四均作“题破山寺后禅院”。《唐诗品汇》卷六三漏掉了一个“题”字，蘅塘退士从之。而少了一个“题”字，就无从知道这是一首题壁诗，会让人误以为是单纯歌咏寺院的作品。
2. 该书“五言律诗”下白居易《草》，题目应作“赋得古原草送别”。历代诸本《白居易集》，及从《文苑英华》卷二八五到《全唐诗》卷四三六的诸多总集绝大多数题作“赋得古原草送别”，唯有《唐诗品汇》卷六七题作“草”，蘅塘退士从之。题目原本七个字，漏掉六个字，就无从知道这是一首送别诗，也无从知道这是一首练笔的“赋得体”。
3. 该书“五言绝句”下李白《夜思》，题目应作“静夜思”。历代诸本《李太白集》，及自《乐府诗集》卷九○至《全唐诗》卷一六五的诸多总集均作“静夜思”，唯有《唐人万首绝句选》卷一题作“夜思”，蘅塘退士从之。少一个“静”字，诗歌的韵味大减。
4. 该书“五言绝句”下刘长卿《弹琴》，题目应作“听弹琴”。历代诸本《刘随州集》及《万首唐人绝句》卷六、《唐音》卷六、《唐诗品汇》卷一三、《全唐诗》卷一四七等均题作“听弹琴”，唯有《唐人万首绝句选》卷一漏了一个“听”字，题作“弹琴”，蘅塘退士从之。“弹琴”与“听弹琴”含义完全不同。
5. 该书“七言绝句”所附“乐府”下李白《清平调》，题目应作“清平调词三首”。历代诸本《李太白集》及《万首唐人绝句》卷五九、《唐诗品汇》卷四七、《全唐诗》卷一六四等总集均题作“清平调词三首”。《乐府诗集》卷八○从音乐角度考虑，题作“清平调”，蘅塘退士从之。《清平调》指的是音乐旋律名，若作为乐府曲名，可称“清平调”，但作为诗歌，自然要称“清平调词”。
